Coraline Jones es una pequeña niña de 11 años muy alegre y aventurera en su vida. Sus padres han decidido mudarse a Oregón para terminar un catálogo de jardines. Pero Coraline no está muy segura del lugar a donde la han llevado. Es muy extraño y por supuesto extraña mucho a sus antiguos amigos.
En el mismo vecindario conoce a Wybie Lovat, un chico extrovertido pero muy extraño que quiere ser su amigo. Pero Coraline cree que es un chico petulante, por eso trata de evitarlo a toda costa. En su búsqueda de amistades conoce a los demás vecinos, unos más locos que otros. Por lo que cree que su nuevo hogar es más aburrido de lo que pensaba.
Un día descubre una puerta secreta en su propia casa, que la lleva a un mundo paralelo distinto al de su vida real. Allí conoce a su otra madre y padre, que son más cariñosos y la complacen en todo lo que quiere. Allí también se encuentra con un gato parlante que la alerta acerca de este mundo, que es mucho más peligroso de lo que aparenta. Pronto Coraline se da cuenta que la otra madre quiere retenerla para siempre y separarla de su familia.