Dos hermanos expertos en alquimia Ed y Al fracasan en el intento por recuperar su madre, consiguiendo que uno de ellos perdiese su brazo y su pierna, al mismo tiempo el otro su cuerpo entero.
Ed se encuentra muy afligido por lo sucedido con su hermano y por la misma razón hará todo para que Al sea de nuevo como antes, aunque de esto dependa el adquirir la codiciada piedra filosofal, a pesar de que nadie la visto pareciendo ser solo una leyenda. Pero no son los únicos interesados en obtener tal objeto, por lo que sus enemigos buscarán la manera de alejarlos de su misión.