Lee Weathers (Kate Mara) es una detective especialista en corporaciones, que está buscando respuestas luego que haya sucedido un terrible accidente en un lugar secreto. ¿Quién es Morgan? y ¿Qué pasó con ella? son las preguntas que todos se hacen, para esto Lee debe hacer lo posible por pedir la información de todo lo que sucedió. Al transcurrir el film, Lee descubre que esta corporación se encarga de trabajar con experimentos relacionados a la evolución del hombre.
Es así como crearon a Morgan (Ana Taylor Joy) en un tercer intento por crear vida, un experimento realizado con bioingeniería y ADN sintético. Esto significa un avance en la evolución, con tan solo un mes de edad ya podía caminar y hablar, pero a los seis meses tuvo un alcance brusco y superó las expectativas de la corporación. Al principio todo fue un excelente hallazgo y Morgan era muy feliz.
Sin embargo al privarla de libertad para realizar más estudios, Morgan no lo soporto y comenzó a volverse muy triste violenta. Es allí cuando la pequeña Morga comienza a evolucionar de una manera peligrosa y ya no saben cómo tranquilizarla. Un experimento que se salió de las manos y podría ser crucial para la humanidad.
