Charles Xavier quien será conocido en el futuro por el nombre de Profesor X une fuerzas junto con otro mutante Erick Lehnsherr (Magneto) el actual villano de la saga de películas de ciencia ficción para reclutar un grupo de jóvenes mutantes para enseñarles a dominar sus habilidades especiales y así poder evitar la inminente guerra nuclear que está a punto de ser provocada por un antiguo enemigo de Erick, el malvado Sebastian Shaw, un mutante renegado que quiere sacar de las sombras a los suyos demostrándole al mundo que ellos son más fuertes que los humanos y no merecen esconder su dotes.